Контрагенты исключены из ЕГРЮЛ: как отразить в декларации восстановленный НДС по бракованным материалам?

Добрый день.
Проводили в конце года инвентаризацию и списали неиспользованные упаковочные материалы. Какие-то были куплены давно и в конце концов сроки годности, указанные на упаковке, кончились. А какие-то перестали использовать в связи с выводом позиций из ассортимента.
По этим материалам восстановила НДС. Нашла все счета-фактуры, по которым они покупались,  но они оказались очень старые, еще до 2015 года (за 2010, 2011, 2013 и 2014 годы), причем некоторых организаций уже и в ЕГРЮЛ нет.  Отразила в книге продаж восстановленный НДС и указала реквизиты этих счет-фактур, как того требуют правила. 
Но при проверке декларации выдается ошибка, что контрагентов с такими ИНН нет в ЕГРЮЛ. Ну да, их действительно нет, исключены из ЕГРЮЛ по разным причинам. Но раньше то были, и документы нам предоставляли.
Вот теперь и не знаю, как подавать такую декларацию, с ошибками. Игнорировать эту проверку и подать, как есть?
Что посоветуете, коллеги?